من أهم المشروعات التي يقوم بها قسم النشر التراثي مشروع المكتبة الرقمية للمخطوطات، وهي عبارة عن سبع أسطوانات، كل أسطوانة تحتوى على مخطوط مختار بعناية لأهميته التاريخية أو العلمية، أو لكونه فريداً من نوعه، أو أنه كتب بخط المؤلف .. الخ.
وقد صدرت المجموعة الأولى منها مشتملة على مجموعة من أندر المخطوطات التي تقتنيها مكتبة الإسكندرية وهي: قصيدةُ البردة للبوصيرى، ديوان سلامة بن جندل، الزيج الجامع لكوشيار الجيلى، غِيَاثُ الأُمم فى التياث الظُّلَم للجويني، البديع في نقدِ الشعر لأسامة بن مُنقذ، اللُّمع في النحو لابن جني، التاريخ الكبير للمقريزي..
وهو من إصدارات مركز ومتحف المخطوطات.