所有的经济评估方法在对输入和结果进行估价时都遵循以下三步：

ЧЧ确认输入和结果；

ЧЧ用合适的自然单位测量输入和结果；

ЧЧ评估输入和结果；

三个阶段中都可能会遇到问题。有些条目确认起来很困难是因为一些卫生保健干涉有隐藏或不为人知的成本和结果。不是所有的成本和结果都能用合适的自然单位来测量，因为有些干涉有无形的结果，如疼痛减少或得到更多的社会认可。其它一些项目使用的输入同样确认起来很困难，如高技术的诀窍。

资源的价值通过定义成本来赋值。这些被经济学家考虑来作为预知的机会效益，也就是，同种资源的最佳可能替代途径（机会成本）。这样一个对成本的定义带有几个含义。第一，成本不等同于支出，这是由于所有能被以替代方式使用的是成本，即使它看上去自由可用且没有与此相关的市场（如新鲜空气，或一个志愿者的时间）。第二，价值和由此而来的成本随着价值判断和其它因子（如时间间隔）的变动而变动，而这些又依赖于个人、社会、缺乏和需要。评估输入和结果是进行经济评估中最困难的方面，是由于现实中，最容易获取的价值尺度，价格，仅存在于真实的市场，而这仅仅覆盖了健康输入和结果中的很小一部分。