文献资料给出了一些飞机旅行可能带来的短期的健康影响。它们包括长途飞行造成的深静脉血栓，这一点近来备受宣扬；传染性疾病病原体在空气舱中的传播，这也是很多人担忧的。此外，在飞行中的呕吐，因头顶行李舱中物品坠落而受伤，以及许多有先前病史的人的最终发作也在飞行隐患之列。最为普遍的例子就是急性心肌梗死（据称由飞行中的环境所引发）。

近来有一些人担忧，结核病在机舱中可能由已感染者传播给未感染者，或者伴随着飞机旅行的普及性由流行地区向世界各地传播。由结核感染者经飞机旅行而导致其他乘客暴露在结核病菌之下的案例已见报道。不过最近的一篇综述则认为，结核病是否能由此传染给其他乘客尚不肯定，而且并无活动性的结核病例被认为是在飞行中感染所致。

见：世界卫生组织，结核病与飞机旅行：预防与控制原则。