Анализ данных заболеваемости населения за последние 10 лет показывает тенденцию ее снижения. Однако, следует отметить, что эти данные не отражают истинной картины, так как заболеваемость регистрируется по обращаемости населения за медицинской помощью, и вероятнее всего данный факт связан с уменьшением его обращаемости в медицинские учреждения. Несмотря на тенденцию к снижению в последние два года отмечается ее рост по отдельным заболеваниям: болезней эндокринной системы в 1.7 раза, болезни уха и сосцевидного отростка на 40.6%, болезни системы кровообращения 36.7% и врожденные аномалии на 31.7%.

Наиболее частой причиной заболеваемости населения республики являются болезни органов дыхания. В структуре вновь выявленных заболеваний, как у взрослых, так и у детей они занимают первое место (26.1%) и являются основной причиной временной нетрудоспособности населения Кыргызстана. Болезни органов дыхания занимают второе место в структуре причин смертности, что составляет 13% от всех случаев смертей. Сравнительный анализ стандартизованных показателей смертности на 100000 населения показывает, что смертность от болезней органов дыхания почти в 1.5 раза выше, чем в Казахстане и России.