Наиболее существенным являются удлинение интервала Q-T (врожденный синдром удлиненного Q-T или его наличие в семейном анамнезе, выраженная брадикардия), а также назначение препаратов,
ингибирующих CYP3A4 (антибиотики-макролиды, ингибиторы ВИЧ-протеазы и др.), удлиняющих интервал Q-T (антиаритмические препараты, антидепрессанты), антипсихотических (фенотиазины, пимозид и сертиндол) и антигистаминных (терфенадин). Все перечисленное ограничивает использование цизаприда в
широкой клинической практике.

Монотерапия прокинетиками используется в виде курсов как при отсутствии, так и при наличии рефлюкс-эзофагита, кроме того, возможен однократный прием этих препаратов "по требованию".