飞行经历对于健康的影响，近来受到最大关注的是长途旅行造成的深静脉血栓。深静脉血栓是指在下肢深静脉中产生了血凝块。飞行中产生深静脉血栓，在人群中是一种普遍的医学情形。它可能由静脉狭窄或静脉堵塞引发，而这些状况也增加了血栓的危险性。

深静脉血栓最为严重的并发症是肺部的血管栓塞，这是由于腿部静脉中的血凝块运行到肺部，并堵塞了动脉。目前许多飞行中的死亡事件都是由肺部栓塞引发的。