内部抗原（M1和NP蛋白）是型特异性蛋白（型特异抗原），可以用于鉴别病毒的A、B、C型。在每型病毒中，M1蛋白在其成员中具有交叉活性。NP蛋白同样在同种型的不同病毒成员中显示交叉活性。

外部抗原（HA和NA）有更多的变异，是亚型以及病毒株特异性抗原。可以被用于确定是哪株A类流感病毒引发的大流行

病毒株的命名是基于其表面蛋白血细胞凝集素以及神经氨酸酶的，所以，例如他们可以被称为H3N2，意思是含有血细胞凝集素类型3以及神经氨酸酶类型2

如果两种流感病毒同时感染了同一个宿主细胞，他们会脱去蛋白衣壳以及脂膜，暴露出他们携带的RNA，然后被转录为ｍＲＮＡ

宿主细胞合成新的病毒，新的病毒可以具有联合抗原，例如H3N2病毒和H5N1病毒可以利用这种途径，得到联合抗原H5N2

由于人的免疫系统难以识别这种新的病毒，所以这可能是非常危险的