Otra importante prueba diagnóstica es la Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) usando los cebadores del espacio intergénico 16S-23S o los cebadores para el gen Citrate Synthase.

Una reciente investigación acerca de genotipos de Bartonella bacilliformis a través de un análisis de polimorfismo genético (AFLP), mostró 6 genotipos.

Ventosilla P, López M, Antúnez de Mayolo A, Guerra H, Merello J, Pérez E, Maguiña C, Montoya M. Bartonella bacilliformis en el Valle Sagrado Cusco, Perú 1998: Aislamiento e identificación por PCR e IFI. X Jornadas Científicas Homero Silva Díaz, 1998: 47

Henriquez C, Infante, B, Merello J, Gallino M, Santivañez L, Maguiña C, Guerra H, Birtles R, Ventosilla P. Identificación de Bartonella bacilliformis por métodos moleculares. Rev Med Hered 2002; 13:58-63

Birtles R, Fry N, Ventosilla P, Caceres A, Sanchez E, Vizcarra H, Raoult D. Identification of Bartonella bacilliformis genotypes and their relevance to epidemiological investigations of human bartonellosis. J Clin Microbiol 2002; 40:3606-12