Los genes DQA1 y DQB1 están demasiado cercanos entre ellos en el cromosoma 6. Por esta razón, ha habido poca recombinación entre estos genes. Esto es comúnmente observado en la región HLA y es conocida como “desequilibrio de acoplamiento”. Por lo tanto, cuando haces el genotipo e identificas sus alelos 2 DQB1 y DQA1, puedes casi siempre determinar cuales alelos DQB1 y DQA1 están en el mismo cromosoma. Esta combinación de alelos DQB1 y DQA1 son conocidos como haplotipos DQ.