إدارة مُتحف المخطوطات بمكتبة الإسكندرية هي إحدى الإدارات الحيوية التابعة لقطاع التواصل الثقافي، والتي تتميز بطابع ثقافي أكاديمي تعليمي؛ إذ إنها تضم بين جنباتها أقسامًا مختلفة تتميز بالنهج المعرفي العلمي المتطور، ويشترك بعضها مع بعض في تناغم من أجل عمل هذه المنظومة المتكاملة التي بدأت في عام ٢٠٠١ وفقًا للمادة الثانية من القانون رقم ١ لسنة ٢٠٠١ بشأن مكتبة الإسكندرية، والتي اكتملت بإنشاء قاعة العرض الـمُتحفي بموجب القرار الجمهوري رقم (٢٦٩) بتاريخ ١٢ سبتمبر لعام ٢٠٠٢.
وتتلخص رؤية متحف المخطوطات في نطاق تركيز جميع الجهود والموارد البشرية والمادية لتصبَّ في خدمة الزائرين والباحثين. ويهدف إلى التعريف بالذخائر التراثيَّةِ ونوادرِ المخطوطاتِ والكتبِ وحفظِها والعناية بها بشكل علمي سليم، وذلك لجميع الفئات العمرية في المجتمع. يهدف أيضًا إلى التعاون والتبادل العلمي في مجالِ المخطوطاتِ مع المتاحفِ والمراكز المناظرةِ في دولِ العالم. ويهتم متحف المخطوطات بتطوير وتدريبِ الكوادرِ البشريَّة في مجالِ الحفظِ المتحفي وترميم المخطوطات والعمل على نقل الخبرات في مجال الترميم والحفظ البيئي إلى صغار المرمِّمين في المؤسسات الإقليمية والدولية، لصنع جيلٍ من المرمِّمين الجدد يقوم بدوره داخل مؤسساته التي يعمل بها، من خلال الدورات التدريبية وورش العمل. ويعمل متحف المخطوطات على توفير أكبر عدد ممكن من المخطوطات المصورة من جميع أنحاء العالم وإتاحتها للباحثين بشكل مناسب.