يُلقي متحف تاريخ العلوم الضوء على الجانب التاريخي للعلوم في مصر من خلال ثلاث حقب تاريخية مهمة؛ هي: مصر الفرعونية، والإسكندرية الهلينستية، والحضارة العربية الإسلامية في العصور الوسطى؛ حيث يحتفي المتحف بالعلماء الذين أثروا بأعمالهم العلم والمعرفة. ويسعى المتحف إلى إحياء الاكتشافات العلمية والإنجازات العظيمة لقدامى العلماء وكذلك المترجمين الذين أتاحوا لهذه الأعمال أن تتخطى حواجز الزمان والمكان.
ومتحف تاريخ العلوم ليس بمتحف تقليدي، فهو يقدم عدة أنشطة تستهدف الجمهور العام، وخاصة طلبة المدارس، بالإضافة إلى تنظيمه لعدة جولات متحفية تقليدية.