تضم مكتبة الخرائط أكثر من سبعة آلاف خريطة تغطي جميع أنحاء العالم مع التركيز بشكل خاص على الإسكندرية، ومصر، والدول العربية، والدول المطلة على البحر الأبيض المتوسط. وتتضمن المكتبة أنواعًا مختلفة من الخرائط؛ مثل تفريد المدن، وخرائط العالم، والخرائط الطبوغرافية، والخرائط الجيولوجية، والخرائط الكنتورية، وخرائط الطرق وخطوط المواصلات، والخرائط الموضوعية، وخرائط الملاحة البحرية والجوية، والصور الجوية والفضائية. كما تتضمن المكتبة أكثر من ٥٠٠ أطلسًا وعددًا من الكرات الأرضية.
ومن أهم مقتنيات المكتبة نسخة طبق الأصل للخريطة المجمعة التي قام بنشرها المجمع العلمي العراقي ١٩٥١م، لخرائط كتاب "صورة الأرض" للشريف الإدريسي، والتي كان قد رسمها الإدريسي لملك سيسيليا روجر الثاني عام ١١٥٤م؛ وكذلك نسخة طبق الأصل لخريطة طبوغرافية مخطوطة للخليج العربي وبلاد ما بين النهرين تعود إلى القرن السابع عشر.
تقع مكتبة الخرائط بالمستوى الرابع السفلي B4 بمبنى المكتبة الرئيسي.