ارتبط اسم ناجي شاكر بفن عرائس المسرح منذ بداياته الأولى في مصر، فقد ساهم في نشأة مسرح العرائس المصري، وشارك في تقديم عدة أعمال مهمة لفرقة "القاهرة للعرائس" من خلال تصميم عرائس كل من "الشاطر حسن"، "بنت السلطان"، "الليلة الكبيرة"، "حمار شهاب الدين"، و"مدينة الأحلام".
كما ساهم في إثراء المسرح المصري بتصميم الديكورات والملابس لبعض العروض المتميزة، فقدم ديكور "سهرة مع الجريمة"، "الزير سالم"، "الزفاف"، "الكل في واحد"، "شغل أراجوزات"، وأخيرًا "الغربة".
في مجال السينما قدم الفيلم التجريبي "صيف 70" وهو الآن من مقتنيات متحف الفن الحديث في نيويورك، كما قدم فيلم "شفيقة ومتولي" من خلال الإشراف الفني وتصميم الديكور والملابس. بالإضافة إلى ذلك فقد استكمل أبحاثه في الإضاءة والمسرح؛ كما أبدع في مجال التصميم الجرافيكي بتصميم عدد كبير من الشعارات وأفيشات الأفلام وأغلفة الكتب والرسوم الداخلية ببعض المجلات.
تعددت نجاحات الفنان في مجالات العرائس والمسرح والسينما والدعاية والإعلان فهي تعبّر عن روح الهواية وطابع المغامرة في السعي نحو التجريب والاكتشاف.
تم تكريم ناجي شاكر في محافل دولية مختلفة، كما حصل على جائزة الدولة التقديرية عام 2015.