يهدف مشروع "إعادة إصدار كتب التراث الإسلامي في القرنين الثالث عشر والرابع عشر الهجريَّيْنِ/ التاسع عشر والعشرين الميلادِيَّيْن"، إلى تقديم مختارات من تراث الفكر الإسلامي الحديث، والتعريف بأهم كتابات التجديد والنهضة وأعلامها في القرنين الثالث عشر والرابع عشر الهجريين - التاسع عشر والعشرين الميلاديين. ويتمثل السبب الرئيسي في اختيار هذه الفترة في وجود انطباع سائد غير صحيح بأن الإسهامات الكبيرة التي قام بها المفكرون والعلماء المسلمون قد توقفت عند فترات تاريخية قديمة ولم تتجاوزها. ويسعى المشروع إلى تكوين مكتبة متكاملة ومتنوعة تضم هذه المختارات وإتاحتها ورقيًّا وإلكترونيًّا عبر الإنترنت. ويهدف أيضًا إلى الإسهام في تنقية صورة الإسلام من التشوهات التي تُلصق به من خلال ترجمة هذه المختارات إلى الإنجليزية والفرنسية في محاولة لسد الفجوة بين الغرب والعالم الإسلامي. وقد أصدرت مكتبة الإسكندرية 50 كتابًا على مجموعتين ضمن سلسلة "في الفكر النهضوي الإسلامي".