Disposant d’un riche fonds de livres rares, de cartes et de collections spéciales, la section des Livres Rares de la BA renferme plus de 15 000 ouvrages dont le plus ancien date de 1496. En outre, elle compte plus de 700 périodiques, soit 54 000 numéros, et 66 000 volumes des collections spéciales. Ces dernières sont intégralement constituées à partir des dons offerts à la BA par des personnalités éminentes. Parmi les collections qu’abrite la Bibliothèque figurent celles du feu président Anouar El-Sadate, du sultan Qabus, du Dr Abdel-Razek El-Sanhouri, de Dr Hussein Heikal, et autres.
Le rôle de la section ne se limitant pas à la préservation de ces acquisitions uniquement, elle met également à la disposition des usagers et des étudiants des cycles supérieurs une salle de lecture, située au 2e sous-sol B2. Les photocopies sont autorisées dans la limite de 20 % de l’ouvrage, à raison de 20 p.t. la page, à l’exception de certains documents dont l’état matériel interdit une manipulation excessive.