Usualmente, dentro de una semana, la segunda fase o rehabilitación, es establecida por aumento en el apetito y mejoría de las mayores alteraciones incluyendo edema. Los principios de manejo cambiar para incluir alimentos para estimular el apetito, estimulación del desarrollo emocional y físicoy preparar para casa. En este estadío, la alimentación es cambiada a F-100 que provee100 kcal (420kJ) por 100ml, con 12%de energía de proteínas y 53% de grasas. Como F-75, también provee extra minerales y vitaminas pero no hierro. Excepto para minerales y vitaminas, esos dos alimentos pueden ser preparados de ingredientes comúnes o los aliementos están comercialmente disponibles. Es recomendable continuar el ácido fólico y comenzar hierro suplementario cuando el niño ha pasado a la fase de rehabilitación. Durante esta fase, la ingesta de alimentos del niño se incrementa y la frecuencia de alimentación puede ser reducida. La ganancia de peso es rápida. La madre del niño o su más cercano cuidador se convierte en el mayor protagonista. Ella deberá ser enseñada cómo conducir el crecimiento y desarrollo de su hijo. Esto incluye enseñanza sobre nutrición y preparación de alimentos, mejores conductas hacia el niño y el valor del juego en el desarrollo físico y mental. Se le deberá enseñar como prevenir la recaída.

Cuando el niño ha alcanzado 90% del pesi para estatura o altura (SD Score de –1), está listo para el alta y la fase de seguimiento comienza. Idealmente, el niño es visitado a intervalos de 3 años para aseguararse que no haya recurrencia de la desnutriciónly, the y que el desarrollo físico y mental es promovido, apoyado y alcanzado.