随着第二期症状的消退，如果不进行治疗的话，病菌会向内部脏器侵袭，包括大脑，神经系统，眼，心脏，血管，肝脏，骨骼和关节。

在未经治疗的患者中，有三分之一将进入梅毒晚期或者第三期。晚期症状包括肌肉协调性丧失，瘫痪，疼痛感丧失，痴呆或者其它个体化的病变，如阳痿，精痛，肿瘤或者多器官病变，并损伤关节，足面或足底的溃疡等等。患者可能死亡。