Филогенетическое дерево основывается на генетических последовательностях 16S-субъединицы рРНК, показывающих позицию всех видов рода Burkholderia и взаимоотношение с родственными родами. Из родов, имеющих медицинское значение, близкое генетическое родство с бурхольдериями установлено для Ralstonia (Ralstonia pickettii, ранее – Pseudomonas pickettii), Bordetella (Bordetella pertussis), Neisseria (Neisseria gonorrhoeae) [11].