В последние годы в Кыргызской Республике отмечался значительный рост заболеваемости болезнями, передаваемыми половым путем. Пик заболеваемости в Кыргызстане пришелся на 1997 год, составив 153 на 100000 чел. населения ( 1991г. – 2.0; рост в 77 раз). С 1998 г наметилась устойчивая тенденция к снижению заболеваемости сифилисом и гонореей. Отмечается рост числа заболеваний урогенитальной инфекции «нового поколения» - хламидиоза, гарднереллеза, микоплазмоза, что связано с организацией их лабораторной диагностики крупных центрах страны.

Острые кишечные инфекции (диареи) широко распространены в Кыргызской Республике, характеризуются полиэтиологичностью и не имеют определенных закономерностей в многолетней динамике заболеваемости. За последние 10 лет заболеваемость колебалась в интервалах 538.0- 326.0 на 100 000 населения. Наиболее неблагополучными являются южные регионы республики (Ошская, Жалал-Абадская, Баткенская области), где жаркий климат и острый дефицит доброкачественной питьевой воды, особенно в сельских населенных пунктах, способствуют высокой заболеваемости. Политика здравоохранения в борьбе с острыми кишечными инфекциями направлена на повышение санитарной грамотности населения и снижение летальности среди детей до 5 лет.