En un modelo multivariado, las sumas de cuadrados debidas a los efectos en el modelo y las sumas de cuadradros de los errores están en un formato de matriz más que en el formato escalar existente en el análisis univariado. Estas matrices se denominan matrices SSCP (sums-of-squares and cross-products).

Si se especifica más de una variable dependiente se suministra un análisis de varianza multivariado usando la traza de Pillai, Wilks’ lambda, la traza de Hotelling, y el criterio de la mayor raiz de Roy con tests F aproximados, así como un análisis univariado de la varianza para cada variable dependiente.

Además de comprobar estas hipótesis, MANOVA produce estimaciones de los parámetros.