显微镜观察粪便，每个高倍镜视野20个或20个以上的白细胞和红细胞提示为侵袭性腹泻（可能是志贺氏细菌性腹泻）。显微镜观察粪便也可发现寄生虫和肠虫的感染。显微镜暗视野观察可快速诊断弧菌感染。粪便培养可用于检测细菌包括霍乱弧菌，沙门氏菌，志贺氏菌和其他的细菌。酶联免疫吸附试验用于轮状病毒的检测。抗体的检测用于大肠杆菌的不同血清型的鉴定。