“内源性” 指所指真菌为人体正常菌群的一部分。 “外源性”(见下一张)指所指真菌尽管可短暂污染人体表面（尤其是呼吸道），但并不正常寄居于人体 。卡氏肺孢菌很可能是许多动物（包括人类）肺部正常菌群的一部分。