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主要危险因素为：艾滋病、移植、皮质类固醇及抗生素治疗。如果CD4细胞计数>100 mm3，即使预防约20%艾滋病患者会引发卡氏肺孢菌肺炎。
诊断：支气管肺泡灌洗物、诱导痰 或肺活检标本涂片，经特殊染色找见包囊及滋养体有诊断价值。卡氏肺孢菌尚未被分离到过。