Các kháng nguyên bên trong (proreins M1 và NP) là các proteins đặc hiệu nhóm (kháng nguyên đặc hiệu nhóm) được dùng để xác định xem virus thuộc nhóm A, B hay C. Kháng nguyên M1 của tất cả các thành viên của mỗi nhóm có thể gây đáp ứng chéo. Kháng nguyên NP của tất cả các thành viên của mỗi nhóm cũng gây đáp ứng chéo.

Các kháng nguyên bên ngoài (HA và NA) đa dạng hơn và là các kháng nguyên có tính đặc hiệu phân nhóm. Các kháng nguyên này được dùng để xác định chủng nào của virus cúm A là nguyên nhân của vụ dịch.

Các chủng virus cúm được định danh dựa vào loại kháng nguyên bề mặt hemagglutinin và neuraminidase, vì vậy chúng được gọi là, ví dụ, H3N2 cho virus có kháng nguyên hemagglutinin loại 3 và kháng nguyên neuraminidase loại 2.

Nếu 2 chủng virus cúm đồng thời xâm nhiễm cùng 1 tế bào, vỏ bọc capsid và vỏ lipid của chúng sẽ mở ra bộc lộ RNA, rồi chuyển thành mRNA.

Tế bào của ký chủ khi đó sẽ tạo ra các virus mới có các kháng nguyên kết hợp; ví dụ, H3N2 và H5N1 có thể tạo ra H5N2 bằng cách này.