中药尽管历史非常悠久，但那些因滥用药或制药过程中引发的中毒却总是发生。这类事件在中国和西方的医学或药学期刊上都有记录。根据记载最普遍的中毒原因是病人熬制药汤的方法不正确。他们为了节省时间而将中药煮沸，使熬制的时间短于应有的时间，这可能导致严重的后果。像其他药一样，除了过量使用引起的中毒，乱用或误用中药会导致剧烈的长期副作用（但有时却难以感觉得到）。这是中药有害的一方面。

有一些副作用是由于长期使用某些中药引起的，这些中药产品中结合有少量的有害杂质。据1994年和1998年的调查反映，北美（和世界各地）大部分的中药加工过程都没有经过检验和管理。这样，中药产品就可能搀杂进杂质和环境污染物。某些草药在种植过程中甚至加入了杀虫剂。此外，虽然某些特定的中药疗法经过实践被证明是安全的，但关于长期使用这种疗法所产生的副作用，文献记载都很稀少或不完整。