Hay varias debilidades de la metodología de las encuestas de viviendas agrupadas. Son muy cotosas en áreas rurales. Como con cualquier medición de la cobertura de inmunización, la validez de los datos puede no ser buena si las historias de inmunización no son verificadas o validadas. Este método es también facilitador de sesgo cuando la cobertura de inmunización es espacialmente agrupada o la cobertura no es homogénea entre las viviendas en un grupo.