在這種研究中處理治療交叉較多用的方法是依據所分配的治療法來做數據分析 “依患者治療意向的分析法（intention to treat）”。 這個原則乃是基於交叉到非分配治療法並不是隨機性的理由。 患者對特別的治療法可能有不同的選擇原因，而如果治療法的選擇與研究結果有關， 依據所接受的治療法來做分析將會產生一個治療效果的偏差評斷。雖然主要的分析總是應該依據“依患者治療意向分析法”， 為了只針對接受被分配的治療法的病人的治療效果做評估，可以做第二層次的分析。此方法可以適用於有相當大比率的患者不接受所分配的治療法之臨床試驗。

在所有的臨床試驗中，試圖減低患者不服從所分配的治療法是非常重要的。 監控治療以估算不順從的影響是絕對必要的。