卫生干涉的输入和结果产生于不同时间，尤其是在与慢性病或基于大众的项目打交道时。既然这样，我们就不能将一个今天开始的项目的输入和它在30年之后产生的结果进行直接比较。考虑到时间的区别，经济学家将会调整此类结果的评估，即采用被称为折扣的方法，从而可以计算输入和将来效益的目前价值。折扣主要基于时间偏好，它假定如果在目前有利润产生的情况下，个体宁愿放弃利益的一部分而不愿面对完全无知的将来。这个偏好的强度以插入进经济评估折扣率来表示。折扣率的选择以及该选择应应用到哪个条目在经济学家中引起了激烈争论。输入和结果的比较并非发生在真空中，它的背景也会影响比较自身。例如，生产成本依赖于生产出的单位产品的数量。如果固定成本（即不会随着生产而变化）是由一大堆单位产品来均分，并且没必要有别的投资，那么产品数量上升，成本就可能下降。通常，选择并非关心是否要执行一个干涉，而是关注目前提供的服务量的可变性或转换服务间的资源。那么比较就应基于必要的，在那个可变的程度上的输入以及由于输入的不同产生的结果的改变。这种逻辑的类型被称作边际，也是经济学家运用的所有成本计算程序的基础。所有在经济评估框架中运算的比较都基于边际逻辑。

评估是试图捕获和总结现实的模型。然而，卫生保健的效果常常是不确定的，我们的模型又总趋向于以真实数据（流行病学的，临床的或资源数据）为基础，而这些数据往往要么不完整，要么质量可疑或根本就不存在。比如说，流行病学提供给我们一个关于概率（某特定疾病的发生率，或者影响疾病从一个阶段到下一个阶段的转变机率）的估计，或者甚至是一个跨时间的范围估计。当数据不存在或不确定时，空白需要被假设填充。为了处理不确定性，并执行我们的决策制定过程，经济评估使用了一系列方法，称作灵敏度分析，它依照评估改变假设条件，对输入和结果作反复的比较。换句话说，它会通过改变有不确定性条目的条件检测所有的可能结果。