Los antígenos internos (proteínas M1 y NP) son las proteínas tipo-específicas (antígenos tipo-específicos) usados para determinar si un virus en particular es A, B o C. La proteína M1 de todos los miembros de cada tipo muestran reactividad cruzada. Las proteínas NP de todos los miembros de cada tipo también muestran reactividad cruzada.

Los antígenos externos (HA y NA) muestran mayor variación y son los antígenos subtipo-específicos y cepa-específicos. Se usan para determinar la cepa de influenza A responsible de un brote.

Cepas de influenza son llamadas después de que sus tipos de proteínas de superficie hemaglutinina y neuraminidasa, son llamadas, por ejemplo, H3N2 para el tipo hemaglutinina 3 y neuraminidasa tipo 2.

Si dos cepas diferentes de influenza infectan a la misma célula simultáneamente, sus proteínas y lípidos de las cápsides son removidos, exoniendo su RNA, el cual es transcrito a RNAm.

La célula del huésped forma nuevos virus que combinan antígenos; por ejemplo, H3N2 y H5N1 pueden dar lugar a H5N2 en esta forma.

Debido a que el sistema inmune humano tiene dificultad en reconocer nuevos cepas de influenza, pueden ser altamente peligrosos.