在临床试验中普遍遇到的一个复杂因素是治疗方法的交叉或不依从所分配的治疗。在数据分析中，这些病人应如何计算呢？他们的数据是否应被放弃呢？他们是否应依据他们实际接受的治疗进行归类呢？

在这样的研究中解决治疗方法交叉的首选方法是依据分配的治疗方法分析数据（“治疗意图分析” intention to treat analysis http://www.sghms.ac.uk/phs/staff/jmb/intent.htm）。这一原则的原因是交换至非指派的治疗方法并不是随机的。病人选择某一特定治疗可能有不同的原因，而如果治疗的选择与研究的结局有关，依据所接受的治疗进行分析将会产生对治疗效果的带有偏倚的估计。尽管一次分析总应依照“治疗意图”这一原则，可以进行二手分析以评估仅接受分配的治疗的病人的治疗效果。这在一项较大比例的病人未接受所分配的治疗的试验中可能是适当的。

在所有的临床试验中，努力减少对于所分配的治疗方法的不依从性都是很重要的。通过对治疗进行监控以估计不依从性造成的影响是必须的。