为病人随机分配治疗是否符合伦理呢？当一项前途光明的治疗方法已经可以获得但其效力仍未知时不进行随机分配是否符合伦理呢？真正意义上的知情同意是否从来被获得过呢？什么时候使用安慰剂才是适当的？治疗的效果（益处和/或副作用）是否应在试验过程中被检测，中期结果应如何使用？

在很多国家，除非研究项目得到了一个严格坚持伦理标准的外部审查小组（经常被称为伦理审查委员会即IRB或伦理审查协会）的许可，否则将被视为是不符合伦理的。在大多数情况下，试验的参与者必须被告知试验的性质以及参与试验的可能风险与好处，并且一般地，必须获得参与者对于参与试验这一决定的明确同意。为了进行比较而使用安慰剂（无治疗组）是否符合伦理这一问题目前正在争论之中。

在某些情况下，科学的利益是与社会伦理相冲突的。一个相关的案例是目前由美国国家健康中心发起的对于临床试验中的性别和种族代表性（gender and racial/ethnic “representativeness” http://grants.nih.gov/grants/guide/notice-files/NOT-OD-00-048.html）的要求。这些以及许多其它的伦理问题是临床试验的设计和实施中所固有的。在目前的著作和许多网站上都可以获得关于这些话题的讨论。