وعلى الرغم من أنه كان يوجد من قبل نسب منخفضة من البكتيريا المقاومة للمضادات الحيوية قبل الاستخدام الواسع المدى للمضادات الحيوية؛ فقد لعبت الضغوط التطورية دورًا رئيسيًّا في تطوير أنواع جديدة مقاومة لأدوية متعددة وانتشار المقاومة بين الأنواع البكتيرية.

ومن أكبر العوامل المرتبطة بهذه الظاهرة هي الانتشار الواسع لوصف المضادات الحيوية من قبل الأطباء، والذين يجدون أن وصفها في كثير من الحالات هو الأكثر أمانًا حتى وإن كان لا مبرر لها، كما في حالات علاج الالتهابات الفيروسية؛ مثل نزلات البرد.

وبالمثل، عندما لا يتم تشخيص الأمراض بدقة وكذلك عندما تكون الكائنات الدقيقة المسببة للمرض غير معروفة، يصف الأطباء مضادات حيوية واسعة المدى، وهي مضادات حيوية تقتل نسبًا كبيرة من البكتيريا المختلفة وليس فقط البكتيريا المسئولة عن هذا المرض.

وفي بعض البلدان، بما في ذلك مصر، تباع المضادات الحيوية حسب الطلب دون تقديم وصفة طبية، وهو الأمر الذي غالبًا ما يؤدي إلى الاستخدام المفرط لها، وخلق العديد من السلالات أكثر مقاومة.  

وهناك ممارسات أخرى تساهم في عملية المقاومة والتي تشمل الاستخدام غير المنضبط للمضادات الحيوية في الزراعة في مزارع الحيوانات والأسماك.

وعلى الرغم من أن مشكلة مقاومة المضادات الحيوية متعارف عليها منذ فترة طويلة، ورغم تحذير العلماء منها في جميع أنحاء العالم، فإنها لم تصبح حتى الآن من أولويات الدول باعتبارها مصدرًا رئيسًا للقلق كما هي بالفعل. والعمل المنسق أصبح غائبًا إلى حدٍّ كبير، وخاصة على المستوى السياسي، على الصعيدين الوطني والدولي.

وجدير بالذكر أنه لم يتم تطوير فئات جديدة من المضادات الحيوية منذ عام 1987، ولا يوجد حتى ما هو قيد التطوير في العالم بأسره. والعمل المشترك بين شركات الأدوية لإنتاج أصناف جديدة من المضادات الحيوية أصبح أمرًا ضروريًّا الآن. ولكن، يجب حتى يتم ذلك تصحيح سلوكيات الأفراد في مختلف طبقات المجتمع.